Zoo Hodonín podporuje in situ projekty a programy na záchranu ohrožených druhů zvířat. V rámci sbírky ZOO 2NATURE jsou to tři projekty: The Kukang Rescue Program, Projekt Altaica a Save the Rhino International. dále kampaně EAZA a CCBC.
Zoo Hodonín také podporuje kampaně EAZA A CCBC a spolupracuje i s dalšími organizacemi na ochranu přírody: AOPK, ČSOP, Koalice proti palmovému oleji, Derbianus conservation, Save elephants, Společnost Na zemi – fair trade, Hnutí Brontosaurus, Záchranná stanice a ekocentrum Pasíčka nebo Záchranná stanice a Dům přírody Poodří v Bartošovicích.